Você sabia?
Você sabia que ratos não matam suas crias?!
Se isso acontece algo está errado, os principais motivos para isso são:
Desnutrição (alimentação errada);
Stress;
Calor;
Super população (lugar pequeno com muitos ratos juntos).

Mas quando tudo está OK, não há motivos para que isso ocorra, ratas são ótimas mães e tem amor por suas crias, então você não verá uma rata matar/maltratar seus filhos, a não ser se algo estiver errado.
Em 3 anos de reprodução tive apenas um caso de infanticídio e o problema estava na alimentação da fêmea, como todos, não nasci sabendo, então a alimentação no início era completamente equivocada.
Após esse episódio trágico procurei ver o motivo disso, e me falaram: Não pode mexer nos filhotes que a mãe come.
Mas isso não é verdade, ratos não são hamsters para isso acontecer, você pode e deve mexer nos filhotes ainda sem pêlos, para que eles tenham a socialização forçada (posso falar sobre em outro post).
Após investigar e estudar mais vi qual era o problema, mas após corrigir o erro não tive um caso se quer.
Outro motivo seria genético, algumas linhas (ruins), principalmente usada para alimento, tendem a faze-lo, mas fêmeas assim devem ser afastadas da reprodução, pois se está tudo certo não há motivos para ela fazer isso, e com certeza esse comportamento será passado para sua geração, então para que não se propague o melhor é afastar todos dessa linha da reprodução.
Se você realmente quer uma cria saudável deve seguir algumas leis... É pra mim são leis, elas são:
Peso ideal (fêmea, o ideal é 230g);
Idade certa para reproduzir (fêmea, o ideal é a partir dos 5 meses);
Suplementação antes, durante e pós reprodução.
Uma boa dica que posso dar é quanto mais velho o macho é melhor!
Uer, por quê?
Calma, vou explicar kkkkk
Quantidade não significa qualidade!
Ninhada grande não é bom pra fêmea, o ideal é sempre ninhada pequena, eu gosto de ninhada de no máximo 8 filhotes, pois todos vão mamar bem e absorver os nutrientes.
A questão do macho é porque quanto mais velho menos espermatozóides ele irá produzir, então terá menos filhotes na ninhada.

Conclusão: Sigam as dicas e vejam como irá melhorar a reprodução de vocês, qualquer dúvida é só gritar!